Científicos desarrollan un método para cuantificar, con precisión, la procedencia de moléculas relacionadas con la regulación de genes. Sus resultados indican que en humanos y otros eucariotas, la presencia de tales moléculas se debería a contaminación bacteriana.

Regulación de la expresión génica

Dentro de las células, la regulación de los genes está mediada por varios mecanismos, como los procesos epigenéticos que generan cambios heredables en las secuencias de ADN. Estas formas de modificación química del ADN, como la metilación, juegan un papel importante en organismos procariotas y eucariotas. Algunas de ellas, han sido ampliamente estudiadas y otras son relativamente nuevas.

Tal es el caso de la adición de un grupo metilo en la posición 6 de
la adenina, que resulta en la N6-metiladenina (6mA). Esta forma química se ha encontrado en el ADN de virus y bacterias y, recientemente se informó que prevalecía en los eucariotas, lo cual generó entusiasmo por una nueva dimensión para estudiar la biología y las enfermedades.

Sin embargo, algunos estudios han destacado algunos factores de confusión y existe un debate activo sobre la presencia de la 6mA en eucariotas. Por ejemplo, en el 2020, se publicó un método desarrollado para la deconvolución cuantitativa de 6mA (6mASCOPE), con el cual, científicos sugerían que la mayor cantidad de 6mA en muestras de ADN de insectos y plantas se debía a contaminación bacteriana. En otras palabras, las moléculas encontradas no eran propias de insectos o plantas, sino que tenían origen bacteriano.

“En este estudio, desarrollamos un nuevo método para medir de manera efectiva esta marca de ADN en una amplia variedad de especies y tipos de células. Esperamos que esto ayude a los científicos a descubrir los muchos roles que estos procesos pueden desempeñar en la evolución y las enfermedades humanas».

El mismo estudio tampoco encontró evidencia de niveles significativos de 6mA en humanos.

Contaminación bacteriana

Ahora, en un trabajo publicado en Science Advances, el mismo grupo de científicos (que lleva décadas estudiando el mecanismo epigenético) aplicó el método de deconvolución para analizar la 6mA en dos protozoos. De esta forma, se puede medir con precisión la fuente y los niveles de las moléculas diana, en este caso las 6mA de las cadenas de ADN. Sus resultados confirmaron lo anterior: los niveles de 6mA están fácilmente sesgados por la contaminación bacteriana, o por los métodos experimentales actuales.

Los experimentos con células cancerosas del cerebro humano produjeron resultados similares. Dicho de otra forma, no encontraron evidencia de abundancia de 6mA en Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, o humanos. 

“Ampliar los límites de la investigación médica puede ser un desafío. A veces, las ideas son tan novedosas que tenemos que repensar los métodos experimentales que usamos para probarlas”, dijo Gang Fang, profesor asociado de genética y ciencias genómicas en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.

Fang y su equipo, hacen un llamado para evaluar los métodos empleados en aplicaciones modernas, como los plásmidos utilizados para la manipulación genética, incluso los de Escherichia coli. Según Fang, estos podrían transportar abundantes cantidades de 6mA, «lo que confunde la evaluación de las metiltransferasas y desmetilasas». 

«Sobre la base de este trabajo, abogamos por una reevaluación de 6mA en eucariotas», sugieren.