El SARS-CoV-2 es un virus que destaca por su éxito para infectar y su capacidad para mutar, lo que lo hace muy peligroso y formidable. La pandemia está marcada por crecientes picos de infección que se propagan por todo el mundo, los cuales se caracterizan por la prominencia de una cepa determinada.
Sebastian Duchene, especialista en enfermedades infecciosas del Instituto Peter Doherty en Australia, explica que, por lo general, los virus tienden a mutar a un ritmo relativamente constante. Esto conlleva a que se necesite un año o más para que surja una nueva variante viral. Pero, este coronavirus es rebelde.
«Con respecto a las variantes del SARS-CoV-2, hemos estado viendo que han sufrido muchas más mutaciones de las que esperaríamos bajo el ritmo evolutivo normal de coronavirus similares. La variante Delta, por ejemplo, surgió en solo seis semanas desde su forma ancestral«, comenta Duchene.
Dos mutaciones al mes
El especialista y sus colegas están particularmente interesados en entender el ajetreado calendario de este virus. Por ese motivo, analizaron los datos de la secuencia del genoma viral para examinar cómo la aparición de variantes preocupantes podría estar relacionada con cambios en la tasa de sustitución del virus. Esta es la tasa a la que surgen nuevas mutaciones en el código genético del patógeno.
«Las estimaciones filogenéticas actuales de la tasa de sustitución del SARS-CoV-2 sugieren que su genoma acumula alrededor de dos mutaciones por mes«.
Sin embargo, las variantes de preocupación (VOCs, pro sus siglas en inglés) adquieren numerosas mutaciones en períodos de tiempo mucho más cortos. Estas mutaciones afectan a la infectividad de las variantes, su capacidad de replicación, entre otras características.
«La gran cantidad de mutaciones observadas en Alfa, Beta, Gamma y Delta es mucho más alta de lo que se esperaría según las estimaciones filogenéticas de la tasa evolutiva de nucleótidos del SARS-CoV-2».
De acuerdo con el estudio publicado en Molecular Biology and Evolution, la capacidad de mutar aceleradamente aparece en el virus justo antes de las variantes.
«Nuestros análisis indican que la aparición de VOCs está impulsada por un aumento episódico en la tasa de sustitución de alrededor de 4 veces la estimación de la tasa filogenética de fondo que puede haber durado varias semanas o meses».
Es decir, la acumulación de mutaciones ocurre como en una ráfaga, 4 semanas para la variante Beta, y 6 semanas para Delta. Otras variantes tardaron más, y se cree que la variante Gamma evolucionó en el transcurso de 17 semanas, mientras que Alpha requirió 14 semanas.
Monitoreo genómico
Aún no sabemos por qué ocurre este estallido de mutaciones en el genoma del virus. Pero, los investigadores dicen que probablemente se deba a la selección natural. También es probable que sea el resultado de infecciones en poblaciones no vacunadas, las cuales permiten que el virus se propague y evolucione más fácilmente.
Incluso las infecciones persistentes en individuos particulares, como pacientes inmunocomprometidos, pueden conducir a una dinámica viral alterada.
Por ello, el monitoreo genómico es una oportunidad para detener la próxima ola.
«Esto justifica una muy buena vigilancia genómica, porque no detectamos las formas intermedias de Ómicron, y seguramente hubo algunas«, dice Duchen.
«Imagínese si se hubiera podido detectar Ómicron en los primeros pacientes. Entonces no estaríamos en la situación que estamos ahora«.